Basilica di San Francesco

La Chiesa presenta una struttura architettonica articolata in due edifici sovrapposti ed orientati in modo diverso, almeno nella facciata, ciononostante essi appaiono strettamente legati tra loro tanto da dare l'impressione di uniformità e di intima connessione.
In fondo ad un bellissimo prato verde, dove si staglia l'enorme scritta Pax et bonum, si eleva la Basilica Superiore. La facciata si presenta in stile gotico, ed è ripartita in tre zone ben distinte, mentre l'interno è a una navata, di 4 campate con transetto e abside poligonale. La serie di affreschi che corrono lungo le pareti al di sotto del ballatoio raffigurano la Vita di San Francesco e sono opera di Giotto e dei suoi allievi.

Al di sopra del ballatoio, ai lati delle due finestre si ammirano le Storie del Vecchio e Nuovo Testamento attribuiti a Cimabue e ai pittori romani Jacopo Torriti e Filippo Rosuiti. La volta della chiesa spartita da costoloni. Uscendo dalla chiesa, sulla sinistra si trova la doppia scalinata che conduce direttamente alla Basilica Inferiore. Essa venne progettata come una grande cripta dalle fattezza romaniche destinata a custodire il corpo di San Francesco. Attraverso il portale trecentesco finemente decorato si accede all'interno della chiesa che si articola in un'unica navata divisa in cinque campate da basse arcate a tutto sesto sostenute da tozzi pilastri. La decorazione della Chiesa Inferiore è ispirato alla vita di San Francesco messa a confronto con momenti della Passione di Cristo. Gli affreschi databili intorno al 1253, sono opera del cosiddetto Maestro di San Francesco.
Tra il 1300 e il 1350 lungo tutta la navata ed ai lati del transetto furono aperte delle cappelle, mutilando i dipinti che già ricoprivano le pareti del transetto. Partendo da destra si possono visitare: la Cappella di San Lodovico e Santo Stefano, la Cappella di Sant'Antonio di Padova e quella della Maddalena. Questa ultima cappella è decorata da affreschi attribuiti a Giotto e ai suoi allievi e fu eseguita nel 1296-1329, su commissione del vescovo di Assisi Tebaldo Pontano. Sempre di Giotto e dei suoi allievi sono i celebri affreschi delle quattro vele della volta, sopra l'Altare Maggiore, raffiguranti l'Allegoria della Povertà, l'Allegoria della Castità, l'Allegoria dell'Obbedienza e infine l'Apoteosi di San Francesco.
A sinistra della navata si incontra subito la Cappella di San Martino, con storie del Santo, capolavoro indiscusso del senese Simone Martini che vi lavorò dal 1322 al 1326. Notevoli anche gli affreschi del transetto sud della Basilica Inferiore, la cui decorazione, con Storie della Passione di Cristo, fu affidato nel 1320 a Pietro Lorenzetti.